卧龙国家自然保护区位于中国四川省汶川县西南部，邛崃山脉东翼。最高峰为西南的四姑娘山，海拔6250米，附近高于5000米的山峰有101座。群山环抱，地势从西南向东北倾斜 ，溪流众多。年均温8.9℃，最高温度29.2℃，最低温度－8.5℃，年降水量931毫米。原始森林茂密，处四川盆地与青藏高原过渡带，从亚热带到温带、寒带的生物均有分布。海拔1600米以下为常绿阔叶林；1600～2000米为常绿落叶阔叶混交林带，常绿树有萤青冈、印叶钓樟，落叶树有水青树、山毛榉、槭等；2000～2600米为针阔混交林，以铁杉为主，其次为垂枝云杉、四川红杉、槭、椴等；2600～3600米为亚高山针叶林带，以岷江冷杉为主，林下有大面积箭竹；3500米以上为高山草甸和灌丛。不同类型的植被为多种动物提供了栖息场所。1963年建立自然保护区。面积2万公顷 。1983年加入国际“人与生物圈计划”。主要保护对象是大熊猫等珍稀动物及森林生态系统。1980年与世界野生动物基金会合作在卧龙建立中国保护大熊猫研究中心。
1980年，保护区加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中心。1983年3月经国务院批准，将卧龙保护区内汶川县的卧龙、耿达两个公社划定为汶川县卧龙特别行政区，实行部、省双重领导体制，由林业厅代管。同年7月，省政府、原林业部联合作出了将四川省汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局合署办公的综合管理体制。[1]
卧龙自然保护区位于四川盆地西缘，邛崃山脉东南坡，四川省阿坝藏族羌族自治州东南部，岷江上游汶川县映秀镇西侧，成都平原向青藏高原过度的高山深谷地带，东经102°52'─103°25'，北纬30°45'─31°25'，东西宽60公里，南北长63公里。东与汶川县映秀镇连接，西与宝兴、小金县接壤,南与大邑、芦山两县毗邻，北与理县及汶川县草坡乡为邻。
卧龙地区位于龙门山中南段，邛崃山的东南坡，为四川盆地向川西高原的过渡地带，其地貌形态以高山深谷为主。区内最高峰四姑娘山是邛崃山的主峰，海拔高度6250米。以四姑娘山－巴朗山为界，以东为四川盆地边缘山地，以西进入川西高原。
构造格局
卧龙地区大地构造上属于龙门山褶断带的中南段，由一系列北东向平行的褶曲和断裂组成。构造带总体方向为北40－50度东。褶曲均为紧密的倒转腹背斜、腹向斜，自西北向东南有：总棚子倒转复背斜、三道卡子倒转复向斜、牛头山倒转复背斜、铜槽倒转复向斜，这些褶曲轴面走向为北30－60度东，轴面倾向在不同地段变化很大，忽而倾向西北，忽而倾向东南，呈一弯曲的扭曲面，倾角40－60度不等。腹背斜和腹向斜的两翼均被次一级同向倾向的小背斜和小向斜复杂化。断裂带为北东向挤压性逆冲大断裂，自西北向东南有皮条河断裂带、耿达断裂带、映秀断裂带。主断裂的倾向为北300－330度西，倾角50－60度，因为是挤压性的逆冲断裂，所以断裂破碎带非常发育。同时发育了一组与主断裂带垂直相交的张性断裂及与主断裂斜交的扭性断裂。 这些断裂和褶曲基本上控制了卧龙地区的地貌格局。
地层
卧龙地区前古生界至中生界三叠系地层发育齐全，缺失中生界侏罗系、白垩系和新界第三系的地层。地层的分布大致以皮条河为界，东南部为古生界地层，西北部以中生界三叠系地层为主。东南部大面积出露志留系茂县群的变质碎屑岩，其岩性为灰绿色绢云母千枚岩，银灰色砂质千枚岩夹有薄层石英岩及薄层状、透镜状结晶灰岩。靠近皮条河条带状分布有泥盆系及石炭──二叠系地层。前者为未变质的灰色、深灰色薄层状灰岩，含泥质灰岩夹炭
质面岩及砂岩；后者为中厚层状灰岩夹千枚岩、炭质千枚岩、结晶灰岩夹砂砾岩。三江口一带零星出露奥陶系灰色中厚层长石石英砂岩、石英砂岩及砂质板岩。西北部大面积分布三叠系地层，其岩性为长石石英砂岩、板岩、炭质千枚岩、薄层灰岩及细粉砂岩等，背斜轴部出露泥盆系地层，其岩性为炭质千枚岩、砂质千枚岩夹石英岩、碎屑灰岩等，邓生一带有少量石炭──二叠系地层分布，其岩性以炭质千枚岩、结晶灰岩夹砂岩为主。第四系的松散堆积主要有河流相堆积物、泥石流堆积物及冰碛物。河流相堆积物主要分布于皮条河河谷及各支流河谷。花红树沟、龙岩沟、大魏家沟等泥石流沟沟口分布有大量泥石流堆积物。皮条河上游向阳坪一带的古冰川谷、正河上游古冰川谷内分布有古冰碛物，而现代冰川谷中发育有现代冰碛物。另外，卧龙地区东北部大面积分布有澄江──晋宁期的闪长岩、花岗闪长岩。西部四姑娘山一带有燕山期花岗岩出露。
1、地势：卧龙自然保护区大的地貌单原属于四川盆地西缘山地，处于邛崃北部的东南麓，整个地势由西北向东南递减，皮条河从保护区的西南向东北将保护区分为两大块，河的西北部山大峰高、河谷深切，大部分山峰的海拔高度超过4000米。在西北部边缘沿巴朗山至四姑娘山、以及北部与理县接壤的山地，海拔高度均在5000米左右，构成了一道天然屏障。超过5000米的山峰近百座，境内最高峰－四姑娘山高达6250米，为四川省第二高峰，皮条河的东南部，地势相对平缓，除个别山峰外，海拔一般不超过4000米，东南部中河及西河流域的大部分地区海拔在2000米以下，东部的木江坪海拔最低，仅1150米。
2、河谷形态：受地势的影响，保护区内的河流大体由西北向东南流，河谷形态多样，主要河流：皮条河、耿达河的河谷沿挤压性断裂带发育，两岸基岩松散，易被侵蚀，河谷不断加宽，形成阔谷，并常发育有五段阶地。其部分支流如英雄沟、银厂沟等由于河流沿张性断裂垂直下切，两岸基岩陡峭、形成峡谷，在海拔3000米以上的上游谷地，沿冰川谷发育，上部形成"Ｕ"形谷，而下部受河流溶蚀切割，形成"Ｖ"形谷，组合成"︸"形得合谷。区内各主要河谷以上的山坡和山腰上，分布有四级剥蚀夷平面，其海拔高度分别为2000－2200米、2400－2500米、2800－2850米、3000－3100米，这些削蚀面虽面积不大，但地势平缓，有较厚的风化残坡积层，表层发育有黄棕色粉砂质厚土层，竹林生长茂密，形成多数大熊猫活动的核心区域。
3、山地形态：保护区内在海拔4000米以下的山地，属流水作用的中低山，由于受岩性的影响，山地形态多变，由结晶灰岩组成的，多形成峰林状山地；由砂质子板岩组成的，则形成典型的梳状山地；以脊呈锯齿状，远看似龙背，卧龙即因此得名。海拔4000－5000米的山地为寒冻风化作用的高山，岩基裸露，多悬崖峭壁，其下部形成碎屑坡或倒石堆，并有古冰川遗迹分布，古冰斗亦分为四级，按海拔分别为4000－4200米、4350－4450米、4500－4540米、4620－4660米。部分地区冰川退却后，冰斗积水成湖，形成现在的海子。海拔高度超过5000米的山地为终年被冰雪覆盖、现代冰川作用强烈的极高山，主峰四姑娘山及大姑娘山、二姑娘山、三姑娘山均为金字塔形角峰，巍然屹立于保护区的西北边缘。[2]
卧龙自然保护区的水系呈相对独立状态，各主要河流及其支流均发源于保护区内，呈树叉状分支，并自西向东流出保护区，河流量及水质完全取决于区内的自然条件和人为活动影响。皮条河发源于巴朗山东麓，自西南向东北从保护区的中心地带穿过，全第约60公里，近河位于保护区的北训，发源于四姑娘山东坡，全长约45公里，至磨子沟口与皮条河汇合，称耿达河（又叫渔子溪）。经耿达于映秀注入岷江，全长约34公里，区内长22公里。中河位于保护区东南部，发源于齐头岩和牛头山，全长约30公里。西河位于保护区南部，发源于马鞍山，全长约37公里，至三江口与中河汇合后，称郡江（又叫寿溪河），于漩口注入岷江。本区内河水主要靠降水、森林蓄水和冰雪融水补给。四季长流，终年不断。
卧龙自然保护区属青藏高原气候区的东缘，由于本身的地理位置和地形的影响，形成了典型的亚热带内陆山地气候，西风急流南支和东南季风控制了区内的主要天气过程，冬半年（11月至翌年4月）在干冷的西风急流南支影响下，天气多晴朗干燥，在冷气流的进退过程中，也常形成降雪或雨，夏半年湿润的东南季风顺河而上，遇到高山冷气流而形成丰富的迎坡降水，因而温暖湿润。随着海拔的增高，从山谷到山顶形成了亚热带（2000米以下）温带（2000－2600米）寒温带（2600－3600米）寒带（3600－4400米）高寒带（4400－5000米）极高山寒冻冰雪带（5000米以上）等不同的气候垂直带谱。"一山有四季，十里不同天"这句话充分反映了卧龙的气候特征：保护区管理局沙湾气象站（海拔1920米）的观测资料显示出，该地区的年均相对湿度为80.3％，冬半年（11月至翌年4月）为75.5％，夏半年（5至10月）为84.8％，无霜期180－200天，年均气温8.5±0.5℃，7月平均温17.1±0.8℃，1月平均温-0.9±2℃，年日照数950±100小时，年降水量890±100mm。
卧龙自然保护区的土壤发育条件多变，受气候与植被的垂直变化影响，从河谷到山顶，形成了从亚热带到冰缘环境的各种土壤类型。
1、山地黄壤：发育在亚热带常绿阔叶林下，分布海拔1150－1600米，成土母质为砂岩、石英砂岩，有机质含量15－20％，PH为5.8－6.5，阳离子交换以Ca、Mg为主，交换量为40－50毫克当量／100克土，土壤表层枯枝落叶厚3－6厘米。
2、山地黄棕壤：发育在常绿落叶阔叶混交林下，分布海拔1600－2000米，成土母质为沙岩、千枚岩、石英沙岩，有机质含量10％，PH为5.8－6.5，阳离子交换以Ca、Mg为主，交换量为20－50毫克当量／100克土，土壤表层枯枝落叶厚10厘米。
3、山地棕壤：发育在次生阔叶林及针阔混交林下，分布海拔1900－2300米，成土母质为砂板岩、千枚岩、石英砂碉，有机质含量2－8％，PH为6－6.5，阳离子交换以Ca、Mg、Na为主，交换量为20－40毫克当量／100克土，枯枝落叶层厚10－15厘米。
4、山地暗棕壤：发育在针阔叶林及针阔混交林下，分布海拔2100－2600米，成土母质为千枚岩、砂岩、板岩，土壤有机质含量5－15％，PH为 5.2－5.7，阳离子交换以Ca、Mg、Na、Pb为主，交换量为15－20毫克当量／100克土，表面枯枝落叶层厚达20厘米。
5、山地棕色暗针叶林土：发育在针叶林下，分布海拔2600－3600米，成土母质为砂岩、板岩、千枚岩，有机质含量为8－24％，PH为4－6.0，阳离子交换以Ca、Mg、Na、Pb为主，交换量为10－40毫克当量／100克土，表面枯枝落叶层厚达25厘米左右。
6、五高山草甸土：发育在耐寒灌丛及高山草甸植被带下，分布海拔3600－3900米，成土母质为砂岩、千枚岩、石英砂岩，有机质含量18％左右，PH为5.7-6.1，阳离子交换以Ca、Mg、Na为主，交换量为32毫克当量／100克土，土壤中石砾含量70％左右。
7、高山草甸土：发育在高山草甸植被带下，分布海拔3900－4400米，成土母质为砂岩、千枚岩、石英砂岩，土壤有机质含量19％左右，PH为5.8－6.3，阳离子交换以Ca、Mg、Na为主，交换量为10－39毫克当量／100克土，土壤中石砾含量达70％以上。
8、高山寒漠土：发育在高山流石滩稀疏植被带下，分布海拔4400－5000米，成土母质为砂岩、千枚岩、石英砂岩，土壤有机质含量1－3％，PH为6.8－7.0，阳离子交换以K、Ca为主，土壤中石砾含量达80％以上。
卧龙自然保护区森林覆盖面积达11.8万公顷，约占保护区总面积的56.7％，灌丛草甸覆盖面积约3.04万公顷，复杂多变的自然条件造成了植物种类与群落的多样性。
1、自然植被
卧龙自然保护区的植物区系起源古老，具有较多的特有种属和子遗植物。根据植物种类组成和植被的外貌特征，卧龙的植被可化分为以下6种类型：
（1）常绿阔叶林：分布在海拔1600米以下地段，建群种主要有樟科、山毛榉科、山茶科和冬青科植物。林内有少量桦木科、槭树科和胡桃科等的落叶阔叶树种，林下有大面积的白夹竹（Phyllostachys nidularia）油竹子（Fargesia angustissima）和拐棍竹（Fargesia rebusta），植被外貌四季常绿，季节变化不明显。
（2）常绿落叶阔叶混交林：分布在海拔1600－2000米地段，建群种中，常绿的有山毛榉科、樟科等树种，落叶的有桦木科、胡桃科、槭树科等树种，局部地区有连香树（Cercidiphyllum japonicum）珙桐（Davidia involucrata）水青树（Te tracentron sinense）领春木（Euptelea pleiospermum）等珍稀的古老孑遗植物伴生，林下层以拐棍竹为主，植被外貌季节变化明显，春夏深绿与嫩绿相间，入秋则绿、黄、红、褐等诸色渗杂，冬季仅林冠有少量绿色点缀于白色世界中。
（3）针、阔叶混交林：分布在海拔2000－2600米地段，建群种中，阔叶树种有红桦（Betul albo-sinensis）槭树（Acer spp.）藏刺榛（Corylus forox）椴树（Ti lia chinensis）等，针叶树种有铁杉（Tsuga spp.）表吊杉（Picea brachytyla）四川红杉（Larix mastersiana）松树（Pinus spp.）等，林下广泛分布着拐棍竹，局部地区有大箭竹（Yushania ch ungii）冷箭竹（Bashania fangiana），植被外貌季节变化显著，春夏呈翠绿色，秋末冬初则七彩斑阑，构成卧龙自然保护区的一大景致。
（4）寒温性针叶林：分布海拔2600－3600米地段，建群种有表吊杉，多种冷杉（Abies spp.）方枝柏（Sabina saltuaria）四川红杉等，林下有大面积的冷箭竹，约占全区竹类总面积的50％，局部地区还有大箭竹、华西箭竹（Fargesia nifida），植被外貌呈暗绿色，季节变化不明显。
（5）耐寒灌丛和高山草甸：分布海拔3600－4400米，耐寒灌丛以紫丁杜鹃（Rhododendron violaceum）牛头柳（Salix dissa）细枝绣线菊（Spiraea myrtlloides）华西银露梅（Potentilla glabra）和香柏（Sabina pingil）为主，高山草甸有：以珠芽蓼（Polygonum viviparum）为主的杂草类草甸，以羊茅（Festuca ov ina）为主的禾草草甸，以矮生蒿草（Kobresia humilis）为主的莎草草甸，夏季百花齐放，景色宜人。
（6）高山流石滩稀疏植被带：分布在海拔4400－5000米地段，主要由多毛、肉质的矮小草本植物组成，如多种凤毛菊（Saussurea spp.）多种赀耳草（Saxifrag a spp.）多种红景天（Rhodiola spp.）蚤缀（Arenaria spp.）点地梅（Andresace spp.），另外还有少量的地衣和苔藓植物。
2、植物资源
（1）物种多样性：卧龙自然保护区曾与四川省南充师范学院生物系合作考察、收集植物标本达5000多号、20000多份，还鉴定出植物种类数近4000种；发现新种和变种10个，记录在案的高等植物有217科、814属、1989种，其中，苔藓植物174种，约占四川种数的8.29％，蕨类植物191种，约占全国种类数的8.3％，四川种数的20.0％，被子植物1604种，约占全国种数约6.6％，四川种数的18.98％。
（2）珍稀濒危植物：卧龙自然保护区内有国家重点保护的珍稀濒危植物245种，其中属国家一级保护有珙桐（Davidia involucrata Baillon）水杉（Metasequ oia glyptostroboides Hu.et Cheng），二级保护的有伯乐树（Bretschneidera sinensis）连香树（Cercidiphyllum japonicum）光叶珙桐（Davidiainvolucrata var. vilmoriniana）香果树
（Emmenopterys henryi）杜仲（Eucommia ulmoides）银杏（Ginkgo biloba）胡桃（Juglans sp.）四川红杉（Larix mas tersiana）水青树（Tetracentron sinense），三级保护的有：黄蓍（Astrgal us menbranaceus）黄连（Coptis chinensis）金线槭（Dipteronia sinensis）八角莲（Dysosm a versipellis）领春木（Euptelea pleiospermum）天麻（Gastrodia elata）厚朴（Magnolia officinalis）扇蕨（Meocheiropteris palmatopedata）黄薜（Phelloclendron amurense）垂枝云杉（Picea brachytyla）筇竹（Qiongzhuea tumidinoda）大叶柳（Salix magnifica）延龄草（Trillium tschonoskii）。
（3）资源植物：卧龙自然保护区森林茂密，木材蓄积量近两千万立方米，有药用植物870种，是四川药材的重要产区，天麻、贝母、水母雪莲、黄芪等名贵药材产量丰富。有油脂类植物80种，淀粉及糖类植物42种，纤维类植物60种，单宁类植物42种，芳香类植物28种，此外，卧龙还出产大量的可食菌类、蕨苔，构成山珍野味的一部分。
保护区内有各种兽类50多种，鸟类300多种，此外还有大量的爬行动物，两栖动物和昆虫。区内分布的大熊猫约占总数的十分之一，被誉为“大熊猫的故乡”。除了大熊猫外，还有金丝猴、扭角羚、白唇鹿、小熊猫、雪豹、水鹿、猕猴、短尾猴、红腹角雉、藏马鸡、石貂、大灵猫、小灵猫、猞猁、林麝、毛冠鹿、金雕、藏雪鸡、血雉等几十种珍稀野生动物。鸟类种类繁多，占中国特种鸟类的50％。是世界上古老生物种保存最多最完好的地区之一。这些动物主要生活在2200～3600米之间的气候温凉的针阔叶混交林及箭竹林地带。
动物群落
卧龙自然保护区的动物区系组成，随海友的增高，东洋界成分逐渐减少，而古北界成分逐渐增多，根据区内的各种自然因素及动物的区系和种类组成，动物的地理分布可划分为以下5种类群：
（1）亚热带南方嘉湿动物群：分布于海拔1150－2000米的常绿阔叶林及常绿落叶阔叶混交林带，区系组成主要是东洋界的种类，有少量的古北界种类和广布种。生态地理动物群落是由季负区亚热带阔叶林和林灌动物群组成。半树栖生活的有南亚热带的云豹，暖温带的猕猴，中亚热带的藏酋猴，亚热带的红腹锦鸡，广泛分布的鸢，以及古北界的雀鹰、松雀鹰、红脚隼、领鸺鹠、斑头鸺鹠等猛禽类，林灌型动物有季风区的豹、黄喉貂，北亚热带的金猫，中亚热带的大灵猫、小灵猫，南亚热带的豺和水鹿。山溪水栖的有以鱼类为食的水獭，游禽类的鸳鸯和珍贵稀有的凶猛鱼类－川陕哲罗鱼。
（2）适温性南北动物群：分布于海拔2000－2600米的针阔混交林带。动物的区系组成与上带比较，东洋界种类开始减少，而季风区古北界种类有所增加，生态地理动物群落是由适温性针阔混交林灌动物群组成，树栖种类有西南特有的古老动物金丝猴，猛禽类除金雕和鸢等广布种外，主要是古北界种类，如雀鹰、松雀鹰、普通鵟、棕尾鵟、秃鹫、乌雕、红脚隼、雕鸮、灰林鸮等，半树栖的有南亚热带的云豹，中温带的黑熊和北亚热带的金猫等猛兽，东洋界的红腹角雉，古北界的勺鸡、血雉等。林灌生活的主要是喜马拉雅横断山脉型的大熊猫、小熊猫、林麝等，还有南亚热带的水鹿，季风区的黄喉貂等，林缘峭壁活动的主要是北亚热带的鬣羚。
（3）寒温性北方动物群：分布于海拔2600－3600米的针叶林带。区系组成中，兽类的东洋界成分与古北界成分混杂掺半，而鸟类则主要是古北界种类，树栖种类主要是古北界种类，如斑尾榛鸡、血雉、雕鸮、灰林鸮、松雀鹰、棕尾鵟、普通鵟、乌雕等，另外还有少量的东洋界种类，如金丝猴、红隼等和广布种金雕等。林灌生活的主要是大熊猫和小熊猫，林缘有高地型的马熊、马麝，林缘峭壁、峰林和岩石间活动的有鬣羚、斑羚、岩羊等。
（4）耐寒性高地动物群：分布于海拔3600－4400米的高山灌丛草甸带。区系组成主要是古北界的种类，除少量西南地区和北方种类外，主要是青藏高原的高地型动物，西南山地的种类有扭角羚、绿尾虹雉、藏马鸡等，青藏高原高地型的种类有白唇鹿、白臀鹿、雪豹、马麝、岩羊、雉鹑等，北方型的有石貂，中亚型的有兔猕等，另外还有古北界的普通鵟、兀鹫、胡兀鹫等大型猛禽。
（5）耐高寒的青藏高原动物群：分布于海拔4400米以上的流石滩稀疏植被带。如雪豹、白唇鹿、白臀鹿、岩羊、雪鹑、藏雪鸡等。它们全属青藏高原向东延伸的种类。
动物资源
（1）物种多样性：卧龙自然保护区曾与四川师范学院生物系珍稀动植物研究所合作考察，记录在案的动物有2200种左右，其中昆虫约1700多种，脊椎动物437种。有兽类7目23科109种或亚种，占四川种数的50％；鸟类13目43科281种3亚种，占四川种数的52％；爬行类1目5科21种；两栖类有2目5科18种；鱼类有3目5科11种。
（2）珍稀濒危动物：卧龙自然保护区由于特殊的自然环境与地理位置，保存了不少古老子遗动物，是我国大熊猫的主要分布区，大熊猫的数量约占全国总数的10％，列为国家重点保护的珍稀濒危的高等动物有57种，其中一级保护的有大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）金丝猴（Rhinopithecus roxellanae）等13种。二级保护的有猕猴、藏酋猴等44种。
（3）资源动物：卧龙自然保护区动物不仅种类繁多，而且很多种类都有相当大的数量，具有很高的经济价值，按用途可分为以下几种类型：
a. 观觉动物：这类动物的体色彩的明快或形太可爱，兽类如大熊猫、小熊猫、金丝猴等，鸟类如红腹锦鸡、红腹角雉等，昆虫如多种凤蝶等。还有些动物的角或羽毛可制作装饰品。
b. 毛皮用动物：这类动物毛皮等制作裘皮、皮革、羽绒等，如毛冠鹿、香鼬、黄喉貂、羚牛，以及多种鸟类、蛇类等。
c. 药用动物：许多名贵中药村都来自动物，如麝香、鹿茸、熊胆、豹骨、猴头、燕窝、蛇胆等，卧龙有丰富的贮产量。
d. 肉用动物：绝大多数脊椎动物都有食肉价值。野味珍品果子狸、斑鸠等在卧龙不但分布广，而且数量多。
e. 其他有益动物：主要是一些食鼠类如猛禽类、蛇类等和食虫类动物，如一些食虫兽类、鸟类、两栖类、爬行类等，这些动物对防止鼠害和森林病虫害等有很大作用。[3]
重要物种
兽类
有86种，录属7目24科，其中啮齿目7科26种，食肉目7科23种，食虫目3科14种，偶蹄目3科12种，翼手目2科6种，兔形目1科2种，灵长目1科3种。
区系组成复杂，它既有北方的种类（如全北界特有的鼠兔科、跳鼠科及主要分布于全北界的鼹鼠科），也具有南方的种类（如旧大陆热带－亚热带特有的竹鼠科及主要分布于这一地区的猴科、灵猫科和豪猪科），更具有横断山脉－喜马拉雅山脉特的有或主要分布于这一地区的兽类，如大熊猫、小熊猫、四川水麝鼩、蹼鼩等。从兽类的区系从属关系来看，可以分为以下几个类型：
（1）古北种：主要或完全分布于古北界的种类，共26种，占保护区已知兽类种数的30.21％，如狼、狐、藏鼠兔
（2）东洋种：主要或完全分布于东洋界的种类，共54种，占62.79％，台马铁菊头蝠、短尾猴、猕猴、金猫、云豹、大熊猫、小熊猫、四川短尾鼩和毛冠鹿等。
（3）广布种：广泛分布于古北界、东洋界的3种，即香鼬、野猪和小家鼠，占保护区的3.5％。
（4）区系从属关系不明者3种，占3.5％。
由于本区地势相对海拔高度变化大，兽类垂直分布差异明显。其趋势是随着海拔高度的增加，各垂直带的兽类种数递减，古北种逐渐增加，东洋种、广布种逐渐减少。除高山灌丛草甸带外，各带中占优势的是东洋种，占种数的75％以上，而古北种均在21％以上。兽类中不少种类是我国特产或主产的珍稀动物，其中属于国家一类保护动物的有熊猫、金丝猴、牛羚和白唇鹿等四种，其数量除白唇鹿外均较大；属于国家二类保护动物的有猕猴、短尾猴、小熊猫、兔狲、金猫、猞猁、云豹、豹、雪豹、林麝、马麝、毛冠鹿、水鹿、白臀鹿等14种；属于国家三类保护动物的有石貂、大灵猫、小灵猫、斑羚、鬣羚、岩羊等六种。除国家规定的保护动物外，毛皮兽和制革用的动物种类共22种，如黄鼬、赤狐、黄喉貂、貉、果子狸、豹猫、小鹿、豺和猪獾等。药用动物的种类也较多，其中许多属于国家保护动物，如林麝、马麝、水鹿和白唇鹿等；此外如猴、豹、鬣羚和斑羚等的角或骨均可入药。
鸟类
本区共有鸟类232种和另3亚种，隶属13目38科，其中繁殖鸟212种，非繁殖鸟20种。在繁殖鸟中，其区系从属关系可分为三个类型：
（1）古北种：有113种，占繁殖鸟种数的53.3％；
（2）东洋种：有85种，占40.1％；
（3）广布种：有14种，占6.6％。
本区鸟类在区系组成上，古北界与东洋界的种类互相渗透，混杂十分明显。例如有属于古北界华北区的雨燕，有属于典型的青藏高原种类的雪鹑、雪鸡、雉鹑、岩鹨、林岭雀、高山岭雀和多种朱雀等；有属于北方型的旋木雀、牛采伯劳等；有属于东洋界而为西南区特有的种类如血雉、绿尾虹雉、斑尾榛鸡等；也有在东洋界特别繁盛而分布在本区的画眉类、山椒鸟和太阳鸟等；还有主要分布于华中区的红腹锦鸡。各垂直带的鸟类其种群替代现象明显，从亚热带常绿阔叶林带到高山灌丛草甸带，古北种的种数及其占繁殖鸟类种数的百分率逐渐增加，各带东洋种的种数及其占该带繁殖鸟类种数的百分率随海拔的增高而降低；广布种的种数及其所占百分率也是随海拔的增高而明显地降低。在保护区内珍稀鸟类也不少，属于国家二类保护动物的有红腹角雉、绿尾虹雉、藏马鸡等三种；属于国家三类保护动物的有金雕、蓝马鸡、血雉三种。区内有我国特产的鸟类29种，占全国特产鸟类的50％，如斑尾榛鸡、雉鹑、绿尾虹雉、橙翅噪鹛、酒红朱雀等。羽用鸟类有20种，主要是雉类、鹰雕类，尤其是雉科鸟类达11种之多，数量也较大，它是重要的狩猎鸟类。在保护区内，仅食虫鸟类就达69余种，另外还有苍鹰、鸮类等。
爬行类
本区爬行类共有14种，隶属于2目5科，其中蜥蜴类三种即蝘蜒、康定滑蜥和白条草蜥；蛇类11种即美姑脊蛇、横斑锦蛇、紫灰锦蛇、颈槽游蛇、斜鳞蛇、翠青蛇、福建颈斑蛇、乌梢蛇、丽纹蛇、菜花烙铁头、山烙铁头等。其中美姑脊蛇、横斑锦蛇仅见于四川，可能是四川盆地西缘山地的特有种。区内爬行类均属东洋界成分。大部分蛇类均分布于海拔2500米以下的地区，菜花烙铁头是有毒蛇，在保护区内为优势种。蝘蜒、斜鳞蛇、颈槽游蛇等为常见种。
两栖类
本区两栖类共有10种，隶属于2目4种，其中有尾目一种即西藏山溪鲵；无尾目九种，即沙坪角蟾、多顶齿突蟾、宝兴齿蟾、华西蟾蜍、沼蛙、日本林蛙、花臭蛙、理县湍蛙、四川湍蛙等。就上所述两栖类的区系成分来看，均
为东洋界成分，其中沙坪角蟾、金顶齿突蟾和理县湍蛙是四川特有种。沙坪角蟾目前仅分布于四川盆地西缘山区，金顶齿突蟾早在三十年前首次在峨眉山金顶发现，这里是它的第二个分布区。北方山溪鲵、华西蟾蜍、四川湍蛙主要分布于西南区；宝兴齿蟾目前仅分布于四川、甘肃；其余种类主要分布于华在区、华南区。
鱼类
有6种，即齐口裂腹鱼、重口裂腹鱼、细尾条鳅、石斑鮡及两种未定名的条鳅，隶属于2目3科。虹鳟鱼，这是卧龙最常见的鱼类区内河流短、比降大、瀑布多、水流湍急、水温低、饵料生物贫乏，故鱼类资源不丰富，无渔业价值。由于自然条件与人为活动的影响，上述六种鱼在保护区内的分布各不相同。在三江六种鱼均有分布；而在中河、西河的中游，只有石斑鮡和两种条鳅的分布，其上游水流湍急，目前尚未发现鱼类。六种鱼都是定居型鱼类，就其区系从属关系看，两种裂腹鱼和三种条鳅属于中亚高原山区区系复合体，是高寒冷水性鱼类，属古北界成分；石斑鮡属于中印山区区系复合体，是适应急流水域的典型代表，属东洋界成分。所以保护区的鱼类应属古北界，但有个别东洋界的种类渗入。
卧龙自然保护区以“熊猫之乡”、“宝贵的生物基因库”、“天然动植物园”享誉中外。中国政府在世界野生生物基金会（WWF）援助下建立的13个大熊猫自然保护区中，卧龙自然保护区是世界上最为著名的一个。1978年，保护区建立了世界上第一个大熊猫野外生态观察站，中外科学家采用无线电跟踪等手段，对大熊猫个体生态、种群以及大熊猫主食竹类进行研究，取得了可喜的成果。1983年加入国际“人与生物圈计划”。主要保护对象是大熊猫等珍稀动物及森林生态系统。1980年与世界野生动物基金会合作在卧龙建立中国保护大熊猫研究中心。卧龙自然保护区着眼于建设一流的国家自然保护区目标，坚持保护和合理利用的方针，积极开展保护、科研、社区建设等工作，使大熊猫为主的野生动植物资源和高山生态系统得到有效保 护。中国保护大熊猫研究中心自成立以来，通过不懈的努力，成功攻克了圈养大熊猫人工繁育工作中的“发情难、配种受孕难、幼仔成活难”的三大难关，人工繁殖大熊猫48胎、72仔、成活59仔，幼仔存活率已经连续5年达到100%。圈养大熊猫总数达到80余只，占世界圈养种群的60%。同时也培养、锻炼出了一支世界上最具活力的大熊猫科研队伍。已出版学术专著8部，发表科研论文200多篇，有4项获部、省科技成果奖，有5人次获优秀科技论文奖。并在全世界范围内开展了大熊猫认养活动，保护区积极寻求对外合作，建立合作开发机制。
卧龙自然保护区始建于1963年，面积2万公顷，是中国最早建立的综合性国家级保护区之一。1974年3月面积扩大到20 万公顷。1980年加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中 心。1983年3月经国务院批准，将卧龙保护区内汶川县的卧龙、耿达两个公社划定为汶川县卧龙特别行政区，实行部，省双重领导体制，由林业厅代管。同年7月，省政府，原林业部联合作出了将四川省汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局合署办公的综合管理体制。
国家和四川省命名卧龙自然保护区为“科普教育基地”“爱国主义教育基地”。多年来，卧龙自然保护区着眼于建设一流的国家自然保护区目标，坚持保护和合理利用的方针，积极开展保护、科研、社区建设等工作，使大熊猫为主的野生动植物资源和高山生态系统得到有效保护。特别是大熊猫的研究取得了突破性进展，1990年至2001年已成功地人工繁殖大熊猫34胎，51仔、成活42仔，并在全世界范围内开展了大熊猫认养活动，保护区积极寻求对外合作，建立合作开发机制，现已同山东鲁能信谊旅游集团签订开发协议，力争实现2005年前建成大熊猫生态旅游胜利的目标。目前，区内经济得到有效发展，人民生活水平显著提高。基础设施建设发生根本性改善，保护区的建设和发展向符合中国国情的良性循环方向发展。